在Linux HPC集群上配置SMETANA与CPLEX 22.1.2的完整过程
SMETANA 是一款用于分析微生物群落代谢相互作用的工具。在处理复杂的基因组尺度代谢模型时，使用商业求解器 CPLEX 能够显著提升计算效率。本文记录了在 Linux 高性能计算集群（HPC）上，基于 Python 3.12 和 CPLEX 22.1.2 版本从零开始配置 SMETANA 环境的完整流程，并提供了一种隔离环境变量的解决方案。
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HPC 填坑指南：如何优雅地实现环境变量的「阅后即焚」与绝对隔离
在 Linux 高性能计算集群（HPC）上跑生信分析或者配置复杂的软件环境时，我们经常会遇到令人抓毛的底层库缺失问题（比如经典的 CXXABI_1.3.9 not found）。
为了解决这个问题，很多人会选择在自己的虚拟环境中安装一套新的 C++ 标准库...
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GEMs | 为什么Gapseq在gapfill过程中不利用培养基中的全部资源？
2026-01-30
试用gemini-3-pro-preview，不会保存聊谈记录，因此记录与此。由于个人认识有限，不能保证其科学性与专业性。使用的Gapseq版本为1.4。
在使用 gapseq fill
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综述-如何鉴定和定量芽孢杆菌属成员？-Environ Microbiol-2024
摘要
芽孢杆菌属的成员广泛分布于自然环境中，数十年来，人们对其生理特性、遗传学特征、生态功能及应用价值进行了深入研究。然而，尽管该菌属在自然界中普遍存在，但由于其分类体系复杂且不断演变，芽孢杆菌的特征描述与分类仍面临挑战。本文综述了当前芽孢杆菌分类学研究现状，并总结了该属系统发育研究的关键进展。基于对芽孢杆菌系统发育的清晰认知，我们系统梳理了鉴定与定...
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A misplaced microbiome
2025-07-21
粪便微生物移植（FMT）是一种有前景的治疗方法，用于恢复肠道微生物群的生态失调。然而，FMT的疗效和脱靶效应尚未完全明确。肠道微生物群在组成和功能上存在明显的区域差异：小肠微生物群的群落结构及对宿主的功能影响与大肠微生物群（以厌氧菌为主）截然不同。考虑到这些区域差异，FMT是否适合在肠道不同区域水平上恢复微生物群仍不明确。在最近的一项研究中，DeLeo...
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综述 | mSystems：植物宿主遗传学对根际微生物组组成与功能性的塑造作用
The role of plant host genetics in shaping the composition and functionality of rhiz...
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软件教程 | StrainR2-宏基因组定量菌株丰度
2025-04-08
📅 官方地址：https://github.com/BisanzLab/StrainR2
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软件教程 | Bitacora：基因组组件中基因家族识别和注释的综合工具
2025-02-28
📅 官方地址：https://github.com/molevol-ub/bitacora
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在 Linux 高性能计算集群（HPC）上跑生信分析或者配置复杂的软件环境时，我们经常会遇到令人抓毛的底层库缺失问题（比如经典的 CXXABI_1.3.9 not found）。
为了解决这个问题，很多人会选择在自己的虚拟环境中安装一套新的 C++ 标准库...
GEMs | 为什么Gapseq在gapfill过程中不利用培养基中的全部资源？
试用gemini-3-pro-preview，不会保存聊谈记录，因此记录与此。由于个人认识有限，不能保证其科学性与专业性。使用的Gapseq版本为1.4。
在使用 芽孢杆菌属的成员广泛分布于自然环境中，数十年来，人们对其生理特性、遗传学特征、生态功能及应用价值进行了深入研究。然而，尽管该菌属在自然界中普遍存在，但由于其分类体系复杂且不断演变，芽孢杆菌的特征描述与分类仍面临挑战。本文综述了当前芽孢杆菌分类学研究现状，并总结了该属系统发育研究的关键进展。基于对芽孢杆菌系统发育的清晰认知，我们系统梳理了鉴定与定...
粪便微生物移植（FMT）是一种有前景的治疗方法，用于恢复肠道微生物群的生态失调。然而，FMT的疗效和脱靶效应尚未完全明确。肠道微生物群在组成和功能上存在明显的区域差异：小肠微生物群的群落结构及对宿主的功能影响与大肠微生物群（以厌氧菌为主）截然不同。考虑到这些区域差异，FMT是否适合在肠道不同区域水平上恢复微生物群仍不明确。在最近的一项研究中，DeLeo...
📅 官方地址：https://github.com/BisanzLab/StrainR2 Read More
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gapseq fill
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摘要
A misplaced microbiome
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The role of plant host genetics in shaping the composition and functionality of rhiz...
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软件教程 | Bitacora：基因组组件中基因家族识别和注释的综合工具