• 综述 4
• 抑病土壤 1
• geek 1
• 文献分享 3
• 生物信息知识 2
• 叶际微生物组 1
• 生物信息工具 5
• 文献分享|方法 1
• 合成菌群 2
• 基因组代谢模型 1
• 综述|设计微生物菌群 1
• 16S|多样性 1
• 扩增子测序 1

综述

• 何胜阳系统解读植物界的微生物群落稳态 2021-05-11
• Nat. Rev. Microbiol. | 工程微生物组的通用原则和最佳实践 | 2019 2020-10-07
• Nature | 复杂群落中多种微生物共存的机制 | 2017 2019-08-17
• Cell | 土壤遗产（The Soil-Borne Legacy） | 2018 2019-07-11

抑病土壤

• Science | 病原菌介导植物内生菌群抑病功能的激活 | 2019 2019-11-08

geek

• 可能是最全面的github pages搭建个人博客教程 2019-11-22

文献分享

• 植物相关芽胞杆菌感知假单胞菌铁载体调节次生代谢物 2023-05-20
• mBio | 益生菌多样性抑制植物健康_2016 2021-05-16
• NPJ Biofilms Microbiomes | 网络分析揭示青枯病病原入侵与非有害细菌密切相关 | 2020 2020-10-10

生物信息知识

• k-mer 2021-06-22
• 进化树 2020-12-30

叶际微生物组

• Nature-植物遗传网络预防叶际失调-2021 2021-05-15

生物信息工具

• 软件教程 | StrainR2-宏基因组定量菌株丰度 2025-04-08
• 软件教程 | Bitacora：基因组组件中基因家族识别和注释的综合工具 2025-02-28
• Introducing Greengenes2 2022.10 2023-09-22
• 使用ascp下载ENA原始测序数据 2022-09-28
• QIIME 2教程13-训练特征分类器(2021.2) 2021-09-01

文献分享|方法

• 方法 | 根系分泌物类型决定根际微生物菌群结构和抑病功能 2022-09-28

合成菌群

• 用于追踪合成菌群和组装动态的稳定荧光标记 2024-05-07
• 植物共生型VII型分泌系统导致根部铁元素泄漏以促进定殖 2023-05-29

基因组代谢模型

• Microbiome-多基因组代谢模型预测拟南芥根际微生物功能互相依赖-2022 2023-11-14

综述|设计微生物菌群

• Curr. Opin. Plant Biol. | 整合生态进化原理以设计植物微生物群 | 2022 2023-11-18

16S|多样性

• AEM | 16S rRNA基因的基因组内异质性和种间保守性导致的微生物多样性估计偏差 | 2023 2023-11-21

扩增子测序

• 16S rRNA基因测序引物 2023-11-21