Multi-genome metabolic modeling predicts functional inter-dependencies in the Arab...

介绍

很高兴地宣布Greengenes数据库的新版本，完全从头开始重新设计，以全基因组为支持，重点是协调16S rRNA和shotgun宏基因组数据集。由于设计上的重大变化，将新数据库命名为Greengenes2。然而，就像最初的Greengenes一样，它依赖于一个全新的系统发育，并表达了一个来自系统发育的分类学。

这篇论坛文章的重...

植物共生型VII型分泌系统导致根部铁元素泄漏以促进定殖-Liu et al. (2023)

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标题: 植物相关芽胞杆菌感知假单胞菌铁载体调节次生代谢物

单位：Microbial Processes and Interactions Laboratory, Terra Teaching and Research Center, Gembloux Agro-Bio Tech, University of Liège, Gemblou...

背景介绍：小张准备把前辈文献里的二代测序数据下载进行重复分析，于是开心的查找从NCBI数据库下数据的方法。可是，事情并不是太顺利。从一些网络资料那里知道aspera下载速度快，但是我总是报错，最后还是转向prefetch下载，速度不太快。不过，今天，Aspera，YES！

日期：2020年8月26日

编辑：小张 Read More

标题：根系分泌物类型决定根际微生物菌群结构和抑病功能

单位：南京农业大学，有机固体废物利用江苏省重点实验室

日期：2020年7月7日

摘要

背景：植物来源的低分子量化合物在塑造土壤微生物群功能中起着至关重要的作...

日期：2021年9月1日

参考：QIIME 2教程. 13训练特征分类器TrainingFeatureClassifiers(2021.2)_刘永鑫的博客——宏基因组公众号-CSDN博客 Read More

什么是K-mer?

mer 在分子生物学领域中意义为：monomeric unit，意即单体单元，相当于nt或者bp都可以。通常用于双链核酸中的单位，100 mer DNA相当于每一条链有100nt，那么整条链就是100bp。

k-mer...